御书《妙法莲花经》经文
清朝定鼎北京后，依然对佛教采取利用和保护政策。顺治六年（1652年）达赖五世应邀入京，受到清廷的册封。顺治帝平生好参禅，于顺治十四年（1657年）春夏间，临幸京师海慧寺，在这里与禅僧性聪憨璞邂逅相遇。后召他入宫请教佛法大意。同年十月，再召其入宫，并赐他号“明觉禅师”。此后，顺治帝曾说：“朕初虽尊崇象数，而未知有宗门耆旧，知有宗门耆旧，则自憨璞始。”[19]顺治十五年（1658年）、十七年（1660年），顺治帝先后两次召见禅师玉林通琇，于内廷问道，赐之“大觉普济禅师”封号、紫衣、金印等。顺治十六年（1659年），又召木陈道忞入京谈经说法，赐号为“弘觉禅师”。以后，凡通琇入京，顺治帝则命选僧人1500人从他受戒，尊其为玉林国师，以此来表示对汉地佛教的推崇。顺治十七年（1660年），宠妃董氏死，顺治帝欲削发出家，虽经劝阻未果，但足见其信佛之笃。在顺治期间，清廷还规定每年的四月初八为佛沐浴日，俗称“结缘日”。
康熙帝在位61年间与佛教也有十分密切的关系。他曾先后六次下江南，多次巡视辽沈，常住名山古刹，延见僧人，赋诗题字，撰制碑文。康熙二十三年（1684年）、二十八年（1689年），康熙帝二次南巡，尤其是第二次，他至杭州本想到宝华山，因雨未能成行，于是御书“清远”额。《宗统编年》的作者纪荫在为“清远”之额写“跋”时，称康熙帝是“光扬道化”的“佛心天子”。认为康熙帝二次南巡，旷古难逢之事有五，其中之一就是“山林法席，均荷恩光”[20]。据史籍记载，他在位期间为寺庙写的匾额多达千余块。这也是历代帝王所不曾有的，表明他对佛教护持的一片苦心。康熙时期，清廷所崇奉的“尊儒重道”的政策已经确立。因此，康熙帝在为重修庙宇书写碑文、为佛教经典写序和跋的同时，总是与儒家治国平天下、仁义道德、劝善惩恶之道紧密联系起来，表现了他儒释合流的宗教态度。