陈垣虽然不是天主教徒而能够成为辅仁大学的校长,还与他主张信仰自由有关。他曾给《东方杂志》一位编辑的信中,明确批评该杂志所登载的一篇论述吴渔山的文章“谓渔山入教不足为讳”,认为“渔山不独入教,且曾为教士传教三十余年。信仰自由,有何足讳?”因此,英华和马相伯在北京筹办公教辅仁大学时,寄厚望于陈垣。正如陈垣后来回忆所说:
余自民元北上,即与先生(马相伯)暨英敛之先生过从甚密。余素主信仰自由,而独服膺基督。英、马二先生则笃信天主教者。惟自雍乾以后,教会文风凌替,外国教士中,求如利西泰(玛窦)、艾思及(儒略)之能与士大夫晋接自如者,固不可多得;即中国教徒教士求能如徐玄扈(光启)、李我存(之藻)或吴渔山之以学术见称于世者,亦不可多得。二先生目击心伤,久以文艺复兴为己任,乃先有香山辅仁社之创设,继复联名上书教廷,声请办学。时则二先生有所计议,余往往得首先闻之。二先生有所刊布,余亦得先睹为快。[12]
在1920年,当陈垣请求马相伯先生为其手书明末王觉斯赠汤若望之诗时,马相伯在积极肯定和赞赏王觉斯为明末难得的“人中龙象”的同时,竟将陈垣看作今日的王觉斯。他说:“新会援庵先生于史学有特长,而于天学(指天主教——引者注)之流传中土史,尤三致意焉。见余八十有一,而手不甚颤,力索余书,为他日之纪念,故录右诗以明坐云则坐之意。”[13]因而当英华于1926年逝世时,“临终以(辅仁)大学校务托付陈垣,陈垣受托后,继续筹办建立大学事务”。[14]陈垣因此成为辅仁大学的创办人之一,并由此而在辅仁大学获得了继马相伯、英华之后其他人难以相比的重要地位,从而与辅仁大学结下了难舍难分的因缘。