陈垣虽然不是天主教徒而能够成为辅仁大学的校长，还与他主张信仰自由有关。他曾给《东方杂志》一位编辑的信中，明确批评该杂志所登载的一篇论述吴渔山的文章“谓渔山入教不足为讳”，认为“渔山不独入教，且曾为教士传教三十余年。信仰自由，有何足讳？”因此，英华和马相伯在北京筹办公教辅仁大学时，寄厚望于陈垣。正如陈垣后来回忆所说：
余自民元北上，即与先生（马相伯）暨英敛之先生过从甚密。余素主信仰自由，而独服膺基督。英、马二先生则笃信天主教者。惟自雍乾以后，教会文风凌替，外国教士中，求如利西泰（玛窦）、艾思及（儒略）之能与士大夫晋接自如者，固不可多得；即中国教徒教士求能如徐玄扈（光启）、李我存（之藻）或吴渔山之以学术见称于世者，亦不可多得。二先生目击心伤，久以文艺复兴为己任，乃先有香山辅仁社之创设，继复联名上书教廷，声请办学。时则二先生有所计议，余往往得首先闻之。二先生有所刊布，余亦得先睹为快。[12]
在1920年，当陈垣请求马相伯先生为其手书明末王觉斯赠汤若望之诗时，马相伯在积极肯定和赞赏王觉斯为明末难得的“人中龙象”的同时，竟将陈垣看作今日的王觉斯。他说：“新会援庵先生于史学有特长，而于天学（指天主教——引者注）之流传中土史，尤三致意焉。见余八十有一，而手不甚颤，力索余书，为他日之纪念，故录右诗以明坐云则坐之意。”[13]因而当英华于1926年逝世时，“临终以（辅仁）大学校务托付陈垣，陈垣受托后，继续筹办建立大学事务”。[14]陈垣因此成为辅仁大学的创办人之一，并由此而在辅仁大学获得了继马相伯、英华之后其他人难以相比的重要地位，从而与辅仁大学结下了难舍难分的因缘。