明代的书院除少部分为官立的外，大部分是私立的。书院的组织和管理较为简单，没有专门负责行政事务的管理人员，以师生的自我管理为主。书院的主持人通常称为山长，如洪武初尼山、洙泗书院，各设山长一人。还有称洞主和院长的，如白鹿洞书院和陕西景州的董子书院。总起来看，以山长之称为多，而以洞主、院长之称为少。书院的主持人，既负责书院的教学工作，又负责书院的组织管理工作，而且还是该书院最著名的学者、主讲人，亲自教授生徒，授业解惑。有些规模较大的书院，还设有副山长、副教、助教等人员，协助山长工作，有不少生徒也参与了书院的管理。
明代书院的生徒一般采取分斋肄业的办法。书院属自由讲学的性质，各地学者往往慕一名师而奔趋，因此生徒年龄差异很大。如湛若水在广东天关书院讲学时，简翁102岁前来听讲，另外还有三皓：黎养真82岁，黄慎斋81岁，吴滕川80岁。这样，生徒学业的底子差距很大，因此需设斋授课。一些规模较大的书院往往设有许多斋，如岳麓书院就设有诚明、敬义、日新、时习四斋。生徒的管理，一般每斋设斋长一人，选择学业优秀的生徒充当，或由生徒轮流充当。生徒分斋学习，有利于根据生徒的水平，因材施教，进行有针对性的教学活动。