第二，财政投入结构不合理。分税制后，中央、省、市财政在常规费用中只负责本级直属卫生机构投入。中央财政专项转移支付补助地方卫生事业的内容，主要限于防治、防疫和农村卫生三项建设。地方政府特别是基层政府成为卫生公共支出主体，与世界上大多数市场经济国家由中央政府和省级政府为主承担医疗卫生支出的情况存在较大差异。区域结构不合理，表现在公共卫生费用支出偏重城市，大城市的一些高、精、尖医疗设备的占有率已经达到甚至超过发达国家水平。市、县以下公共卫生机构特别是许多乡村卫生机构缺乏基本卫生服务设备。公共卫生费用支出东高西低，东部地区的医院数、医院床位数和卫生技术人员占全国的比重。地方财力决定了地方财政支持卫生事业的能力，地方经济实力是地方财政能力的决定因素，地区间经济差距拉大加剧了地区间卫生支出失衡。政府卫生支出比重下降带有明显累退性，即经济越落后的省份，政府卫生支出下降越快。
第三，财政投入效率有待提高。一是公共卫生费用使用“重医疗、轻预防”，卫生事业费中，公共性更强、社会效益大的防治防疫部门和妇幼保健部门经费比例，低于提供临床服务的医院经费。国家卫生事业费主要用于对医疗机构的补贴。二是农村公共卫生投入中，人员经费所占比重过高。财政资金使用结构不合理还体现在政府财政预算补助主要用于解决县、乡卫生机构离退休人员工资，用于卫生机构开展业务和改善服务设施的资金越来越少。农村卫生机构的正常运行与发展，几乎全靠自身业务收入解决。政府资金投入总量不足，结构不合理以及低效率等问题，严重影响了公共卫生体系的正常运转。