其次，清末杨仁山复兴佛教的思想已得到广泛认同。杨氏经营金陵刻经处50年，刻经约3000卷，其中包括很多宋元以后在中国佚失的重要佛教著作，这就大大促进了佛教思想的传播。杨仁山还积极兴办佛教教育事业，他创立的“袛洹精舍”，“佛学研究会”培养了很多“高才”，后来成为民国佛教革新运动领袖人物的太虚、欧阳渐都曾做过他的学生。
民国建立以来佛教还不断受到科学等新思潮的冲击。科学影响力之大，使太虚等有识之士不得不宣称佛教徒也应该以科学为本，并身体力行，提倡学习科学，努力使佛学与科学接轨，并顺应科学的进步而革新发展，以摒除“迷信”的恶名。他说：“现在是科学发达的时候，专尚物质文明，无论什么必须考验其有否真凭实据之存在。所以因神而设及不可审实的宗教均难存立。”但佛教并非因神而设，佛祖释迦牟尼只是“生于人世之一有情，而非所谓神秘之神道类。不过人格伟大、智慧圆满、道德超拔、慈悲深厚之一人”。他之所以被人们称颂，是因为他发现了宇宙人生的真理，这和科学家因发现事物的定理而被人们赞扬是一个道理，因此说佛教是无造物主无灵魂说的无神宗教。总之，“余之所取于佛教者，乃佛教之最上层究竟义耳。若通盘论之佛教，实兼有多神一神无神之性质者也，但就佛教之最上层乘与究竟义而论，实不可以寻常之宗教性质限之。其发挥无神之真理，最为透彻”[25]。